Основная задача научного отдела — поиск путей сохранения дикой природы Кузбасса при условии его устойчивого развития.
Работа научного отдела заповедника направлена на изучение природных процессов, идущих в природе без вмешательства человека.
В заповеднике ведутся следующие направления научно-исследовательских работ: ведение основной темы – Летопись природы и Оценка состояния окружающей среды – методом биологической индикации и геохимического апробирования.
Мониторинг состояния экосистем Кузнецкого Алатау и определение силы влияния на них промышленного комплекса Кузбасса — основная тема научных исследований, результаты которых публикуются в многолетнем издании “Летописи природы”.
Первоочередная задача биологического мониторинга заключается в наблюдении за уровнем загрязнения области распространения тех или иных видов растений, животных и микроорганизмов.
Биологическая оценка качества среды является важной составляющей биологического мониторинга, в рамках которой исследуются биологические последствия, связанные с воздействием загрязнений. В ходе исследований сотрудники научного отдела получают данные об обнаружении и идентификации загрязняющих веществ в биотической составляющей на основе широкого использования организмов-индикаторов. Приоритетность именно биологической оценки качества среды определяется получением непосредственной характеристики здоровья среды, под которым понимается ее состояние, необходимое для обеспечения здоровья человека и других видов живых существ.
Основные темы научных исследований:
Важнейший этап научных исследований в заповеднике – инвентаризация природных компонентов территории.
К настоящему моменту в заповеднике зарегистрировано:
Многие виды животных и растений Кузнецкого Алатау занесены в Красные книги различного ранга.
В целях организации системы долгосрочного мониторинга изменений климата и экосистем заповедника «Кузнецкий Алатау» в рамках проекта ПРООН/ГЭФ по сохранению биологического разнообразия в Алтае-Саянском экорегионе в районе высокогорного стационара «Озеро Рыбное» в 2010 году заповедника заложен профиль и запланирована установка метеорологической станции для системы долгосрочного слежения за изменениями климата и экосистем заповедника.
Ряд тестовых объектов в районе Канымского нагорья, представляющего единую систему, удобную для проведения исследований в юго-западной части заповедника.
С целью организации мониторинга альпийских экосистем выбрано четыре вершины на которых сделана специальная разметка, детально описана и сфотографирована растительность по протоколам международной программы GLORIA (Глобальная инициатива наблюдения и изучения альпийских экосистем).
Полученные в результате стандартизированные данные по изменению климата, характеризующие высотные изменения видового богатства, видового состава и разнообразия сообществ, температуры почвы и продолжительности снежного покрова, будут служить основой для предсказания будущих изменений в составе и структуре горных экосистем. Все последующие наблюдения будут включать в себя сбор данных с автономных регистраторов и метеостанции и повторные описания растительности на выделенных площадках. Хранение данных предусмотрено на сайте региональной базы данных по мониторингу изменений климата и экосистем, пополняющейся ООПТ АСЭР.
В рамках хоздоговоров последние годы ученые заповедника проводят исследования по темам: «Организация системы мониторинга по оценке состояния окружающей среды и биологического разнообразия в зоне влияния Кия-Шалтырского нефелинового рудника»; «Оценка биологического разнообразия района Усинского ГОКА».